PUBLICATIONS

原著論文・総説など(査読あり)

2017

37. Bodenmann A,  Blair T, Nakajima R, Ura T (2017) Methods for quantitative studies of seafloor hydrothermal systems using 3D visual reconstructions. ROBOMECH Journal 4:22

36. Nakajima R, Tanaka Y,  Guillemette R, Kurihara H (2017) Effects of coral-derived organic matter on the growth of bacterioplankton and heterotrophic nanoflagellates. Coral Reefs
サンゴの粘液がバクテリアを増やし,さらにそれを食べるバクテリア食の鞭毛虫まで増えることを定量的に調べた初の成果.詳細はブログをチェック

35. Nakajima R, Yamazaki H, Lewis LS, Khen A, Smith JE, Nakatomi N, Kurihara H (2017) Planktonic trophic structure in a coral reef ecosystem – grazing versus microbial food webs and the production of mesozooplankton. Progress in Oceanography 156: 104-120.
動物プランクトンを支える植食と微生物食物網,サンゴ礁ではどっちがどれくらい大事なの?詳細はブログをチェック

34. Tsuchiya T, Kuwahara VS, Yoshiki T,  Nakajima R, Shimode S, Kikuchi T, Toda T (2017) Response of phytoplankton and enhanced biogeochemical activity to an episodic typhoon event in the coastal waters of Japan. Estuarine, Coastal and Shelf Science 194: 30-39.
後輩の台風男(土屋くん)の論文その4.相模湾を直撃した台風 Malou 2010の前後で植物プランクトンのブルーム形成と微生物のレスポンスを定量評価している.

33. Tanaka Y,  Nakajima R (in press) Dissolved organic matter in coral reefs: distribution, production, and bacterial consumption. In: Coral Reef Studies of Japan (Iguchi A and Hongo C, eds). Springer
世界中のサンゴ礁における溶存有機物(DOM)の分布やら生産やらをまとめ,さらにバクテリアによる消費についても過去の研究をほぼ全部網羅してみた総説.僕はバクテリアの部分を担当.

32. Nakajima R, Rimachi EV, Santos-Silva EN, Calixto LSF, Leite RG, Khen A, Yamane T, Mazeroll AI, Inuma JC, Utumi EYK, Tanaka A (2017) The density and biomass of mesozooplankton and ichthyoplankton in the Negro and the Amazon Rivers during the rainy season: the ecological importance of the confluence boundary. PeerJ 5: e3308.
世界一大きなアマゾン河と世界一大きな支流であるネグロ河がぶつかると不思議な現象が起きる.アマゾン河とネグロ河の水質が全く異なるため(水温や濁度や色など),両者は10km以上交わらずに平行して流れる(完全に混じるのは100km流れてから!).その境目では沢山の魚が釣れると漁師サンは言う.ならばそこには沢山の餌となる生物がいるはず!と思って調べてみた.詳細はブログをチェック

2016

31. Nakajima R, Nakatomi N, Kurihara H, Fox M, Smith J, Okaji K (2016) Crown-of-thorns starfish larvae can feed on organic matter released from corals. Diversity 8: 18.
オニヒトデの大量発生はその幼生のサバイバル率が高いと発生すると考えられ,そのサバイバル率を左右するのは長らく植物プランクトン濃度と考えられてきた.この研究は,オニヒトデ幼生が植物プランクトン以外のもの(サンゴ由来の有機物)も食べることが出来ることを示したので,幼生のサバイバル率を決める要因は思っていたよりも複雑そうだ.詳細はブログをチェック

30. Thornton B, Bodenmann A, Pizarro O, Williams SB, Friedman A,  Nakajima R, Takai K, Motoki K, Watsuji T, Hirayama H, Matsui Y, Watanabe H, Ura T (2016) Biometric assessment of deep-sea vent megabenthic communities using multi-resolution 3D image reconstructions. Deep Sea Research I 116: 200-219.
沖縄の熱水・伊平屋北で行った研究.僕は画像にでてくる生物1匹づつにマーキングしていく作業を担当.のべ10万回,マウスをクリックして貢献しました(ゴールデンマウス賞受賞!).詳細はブログをチェック

2015

29. Tsuchiya T, Kuwahara VS, Hamasaki K, Tada Y, Ichikawa T, Yoshiki T,  Nakajima R, Imai A, Shimode S, Toda T (2015) Thphoon-induced response of phytoplankton and bacteria in temperate coastal waters. Estuarine, Coastal and Shelf Science 167: 458-465.
後輩の台風男土屋くんの台風シリーズ第3弾.今度はバクテリアの生産がどう変化するを明らかにした.詳細はブログをチェック

28. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2015) Monsoonal changes in the planktonic copepod community structure in a tropical coral reef at Tioman Island, Malaysia. Regional Studies in Marine Science 2: 9-26.
東南アジアはモンスーンに起因する季節変化がある.だからモンスーンによってカイアシ類群集も変化するでしょうと予想してマレーシアのサンゴ礁でカイアシ類群集の季節変化を調べたみた論文.詳細はブログをチェック

27. Nakajima R, Yamamoto H, Kawagucci S, Takaya Y, Nozaki T, Chen C, Fujikura K, Miwa T, Takai K (2015) Post-drilling change in seabed landscape and megabenthos in a deep-sea hydrothermal system, the Iheya North field, Okinawa Trough. PLoS ONE 10: e0123095.
沖縄トラフの伊平屋北に科学掘削船「ちきゅう」が穴を掘ったら掘削孔からは熱水が噴出.その掘削事後評価の論文第2弾.ドリル掘削によって元の生態系は崩壊,人工熱水噴出口によって新規の人工熱水生態系が形成された.詳細はブログをチェック

26. Nakajima R, Tanaka Y, Yoshida T, Fujisawa T, Nakayama A, Fuchinoue Y, Othman BHR, Toda T (2015) High inorganic phosphate concentration in coral mucus and its utilization by heterotrophic bacteria. Marine Ecology, 36: 835-841.
サンゴ粘液には高濃度の無機リンが含まれるが,細菌がその無機リンを利用して増殖したことを示した.

25. Yamakita T, HY, MN, HY, KF, KH, YH, TI, SK, TK, SK, KK, TK, NHK, HM, KM, HM, Nakajima R, SN, KN, SS, MS, KS, HS, KT, KT, YJ-U, KW, HW, YY, NY, Shirayama Y (2015) Identification of important marine areas around the Japanese Archipelago: establishment of a protocol for evaluating a broad area using ecologically and biologically significant areas selection criteria. Marine Policy 51: 136-147.
海洋保護区の候補地を選ぶに当たって,生物学的・生態学的に重要なエリア(EBSA)を決めていく必要がある.この論文ではEBSAを決めるための計算方法が提案されている.

2014

24. Nakajima R, Komuku T, Yamakita T, Lindsay DJ, Jintsu-Uchifune Y, Watanabe H, Tanaka K, Shirayama Y, Yamamoto H, K Fujikura (2014) A new method for estimating the area of the seafloor from oblique image taken by deep-sea submersible survey platforms. JAMSTEC Report of Research and Development, 19: 59-66.
過去に蓄積された膨大な深海の映像データから生物の個体数や生物量を抽出することが求められているが,映像のほとんどは「斜め下向き映像」.ここから面積を推定するのは容易ではなかったが今回新たに計算方法を考案した.詳しくはブログをチェック

23. Nakajima R, Tanaka Y (2014) The role of coral mucus in the material cycle in reef ecosystems: biogeochemical and ecological perspectives. Journal of the Japanese Coral Reef Society, 16, 3-27 (in Japanese)
【総説】サンゴ礁生態系の物質循環におけるサンゴ粘液の役割〜生物地球科学・生態学の視点から〜 サンゴ粘液についてこれまでの研究状況をまとめた国内初の総説.サンゴ粘液の詳しい解説はこちらから!

22. Tsuchiya K, Kuwahara VS, Yoshiki T, Nakajima R, Miyaguchi H, Kumekawa N, Kikuchi T, Toda T (in press) Phytoplankton community response and succession in relation to typhoon passages in the coastal waters of Japan. Journal of Plankton Research, 36, 424-438.
後輩の台風男(土屋くん)の論文その2.相模湾に直撃した複数の台風の前後で植物プランクトンの生産量や群集組成がどう変化するかを時系列で明らかにした.

21. Nakajima R, Yamakita T, Watanabe H, Fujikura K, Tanaka K, Yamamoto H, Shirayama Y (2014) Species richness and community structure of benthic macrofauna and megafauna in the deep-sea chemosynthetic ecosystems around the Japanese Archipelago: an attempt to identify priority areas for conservation. Diversity and Distributions, 20, 1160-1172.
日本の深海化学合成生態系におけるベントスの種数と群集構造をまとめ,どこを保護したら効率よく生物多様性が保全できるかを示した論文.JAMSTECにきて最初の深海がらみの論文.詳細はブログをチェック

20. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2014) Biomass and estimated production rates of metazoan zooplankton community in a tropical coral reef of Malaysia. Marine Ecology, 35: 112-131.
博士論文のメイン論文.動物プランクトンは植物プランクトンを食べますが,サンゴ礁では植物プランクトンが少なくて動物プランクトンは餌が足りずにデトリタスを喰っているだろう.

19. Nakajima R, Lindsay DJ, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2014) Short-term temporal variation in gelatinous zooplankton populations over 48 hours in a coral-reef at Redang Island, Malaysia. Marine Ecology, 35: 254-260.
日周サンプルにいたクラゲをリンジーさんが同定して一緒に書いた論文.サンゴ礁のクラゲの研究ってとても少ない.サンゴ礁のクラゲの日周変動はすごい大きいよ,という内容.

2013

18. Nakajima R, Yoshida T, Azman B.A.R, Yamazaki H, Toda T, Othman B. H. R, Zaleha K, Effendy A.W.M. (2013) A preliminary study of small scavenging crustaceans collected by baited traps in a coral reef of Bidong Island, Malaysia. Malaysian Journal of Science. 32(2): 59-66.
熱帯のサンゴ礁で死体を喰らうやつらは誰なのか?それを知りたくてやってみた研究.答えはダンゴムシの仲間でした.詳細はブログをチェック

17. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2013) First record of a blue-pigmented Acartiid copepod in the tropical coral reef waters of Malaysia. Galaxea Journal of Coral Reef Studies, 15: 27-28.
マレーシアのサンゴ礁で青いカイアシ類を見つけた短いレポート.青いカイアシ類は過去にも知られているが,アカルチア属では初めて.なぜ青いかはわかっていない.詳細はブログをチェック

16. Bodenmann A, Thornton B, Nakajima R, Yamamoto H, Ura T (2013) Wide area 3D seafloor reconstruction and its application to sea fauna density mapping. Proceedings of the OCEANS 2013 MTS/IEEE. 1-5.
東大生産研ブレア軍団による論文.ブレアスキャンで深海熱水海底の詳細な3次元映像を得て,そこにいる底生動物の実態を明らかにしようとするもの.僕は底生動物ゴエモンコシオリエビの計数を担当.

15. Nakajima R, Yoshida T, Fuchinoue Y, Okashita T, Maekawa T, Kushairi MRM, Othman BHR, Toda T (2013) Sedimentation impact on the growth of the scleractinian coral Acropora formosa from fringing reefs of Tioman Island, Malaysia. Sains Malaysiana 42: 1201-1205.
降り積もる堆積物の量が多いと,サンゴの成長が鈍るというのは良く聞く話だが,現場スケールでそれを検証した例は少ない.実際に堆積物が異なるサンゴ礁である種のサンゴの成長を調べたら,たしかに堆積物が多い場所のほうがサンゴの成長速度は遅かった.

14. Kawagucci S, Miyazaki J, Nakajima R, Nozaki T, Takaya Y, Kato Y, Shibuya T, Konno U, Nakaguchi Y, Hirayama H, Fujikura K, Furushima Y, Yamamoto H, Watsuji T, Ishibashi J, Takai K (2013) Post drilling change in fluid discharge pattern, mineral deposition, and fluid chemistry in the Iheya North hydrothermal field, Okinawa Trough. Geochemistry, Geophysics, Geosystems 14: 4774-4790.
SUGAR川口さんのポストドリル論文.沖縄トラフの伊平屋北に科学掘削船「ちきゅう」が穴を掘ったら掘削孔からは熱水が噴出.その掘削事後評価の論文第1弾.僕は映像から図を作るのを担当.

13. Nakajima R, Tsuchiya K, Nakatomi N, Yoshida T, Tada Y, Konno F, Toda T, Kuwahara VS, Hamasaki K, Othman BHR, Segaran TC, Effendy AWM (2013) Enrichment of microbial abundance in the sea-surface microlayer over a coral reef: implications for biogeochemical cycles in reef ecosystems. Marine Ecology Progress Series 490: 11-22.
海面ミクロ層という超薄い膜に住む微生物をサンゴ礁で調べた研究.サンゴ礁では他の海洋生態系に比べてこの超薄い膜にかなりの量の微生物が住んでいることが分かった.詳細はブログをチェック

12. Tsuchiya K, Yoshiki T, Nakajima R, Miyaguchi H, Kuwahara VS, Taguchi S, Kikuchi T, Toda T (2013) Typhoon-driven variations in primary production and phytoplankton assemblages in Sagami Bay, Japan: A case study of typhoon Mawar (T0511). Plankton & Benthos Research 8: 74-87.
後輩の台風男(土屋くん)の論文その1.相模湾に直撃した台風の前後で植物プランクトンの生産量や群集組成がどう変化するかを時系列で明らかにした.

2012

なし…

2011

11. Nakajima R, Yoshida T, Shibata A, Othman BHR, Toda T (2011) Quality and quantity of particulate organic carbon in a coral reef at Tioman Island, Malaysia. Sains Malaysiana 40: 1375-1382.
動物プランクトンの餌は,もちろん動物プランクトンよりも小さな粒子で,いわゆる粒状態有機物(POM)です.このPOMの中身は何か?というのをサンゴ礁で調べた論文.植物プランクトン,バクテリア,原生動物などがいますが,圧倒的に多いのは非生物体有機物(=デトリタス)で,70-90%くらいを占めていました.博士論文の1部.

2010

10. Nakajima R, Nakayama A, Yoshida T, Kushairi MRM, Othman BHR, Toda T (2010) An evaluation of photo line-intercept transect (PLIT) method for coral reef monitoring. Galaxea Journal of Coral Reef Studies 12: 37-44. Erratum.pdf
サンゴ礁の健康状態を測る指標は,そこにどのくらいサンゴが生息しているかで決まります.これを正確に調べるのは重労働だったり意外とめんどくさかったりします.そこで簡単な方法を思いついたのでそれを検証した論文 .詳細はブログをチェック

9. Kuwahara VS, Nakajima R, Kushairi MRM, Othman BHR, Toda T (2010) Spatial variability of UVR attenuation and bio-optical factors in shallow coral reef waters of Malaysia. Coral Reefs 29: 693-704.
2007年に行われた「マレー半島一周してサンゴ礁の調査」の成果論文.サンゴ礁の水中を透過する光(可視光や紫外線)は水中に溶け込んでいる物質の種類や量によってその透過率が大きく変わります.サンゴ礁では,そこにいるサンゴの量や種類なども光環境に影響を与えていそうです.

8. Nakajima R, Yoshida T, Fujita K, Nakayama A, Fuchinoue Y, Othman BHR, Toda T (2010) Release of particulate and dissolved organic carbon by the scleractinian coral Acropora formosa. Bulletin of Marine Science 86: 861-870.
サンゴ粘液の研究の第2弾で,ある種のサンゴからでる粘液量を測定した論文.他の研究のレビューも行い,一般にサンゴから放出される粘液の60-90%は溶存態になっていることが分かった.掲載雑誌のウェブサイトの「今月の特集」で紹介された.

7. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2010) High detritus/phytoplankton content in net-plankton samples from coral reef water: source of over-estimation in zooplankton biomass by measuring seston weight. Plankton & Benthos Research 5: 69-73.
マレーシアのサンゴ礁でプランクトンネットを曳くと,うんざるするほどデトリタスが混入する(動物プランクトンよりデトリタスのほうが多いんじゃないかと思うほど).プランクトンの業界では,ネットでとったサンプルをそのまま乾燥させて重さを量って動物プランクトンの重さとしている場合が多いが,サンゴ礁でそれをやっちゃうととんでもない間違いになるってことを示した論文.

2009

6. Nakajima R, Yoshida T, Azman BAA, Zaleha K, Othman BHR, Toda T (2009) In situ release of coral mucus by Acropora and its influence on the heterotrophic bacteria. Aquatic Ecology 43: 815-823.
マレーシアのサンゴ礁で干潮時に空気に露出したサンゴが粘液をダラダラ放出しているのを見て「面白そう!」と思い始めた研究.ビニール袋をサンゴに被せて,1日に出す粘液量を調べたり,粘液を添加するとバクテリアがどれくらい増えるかを調べた.

5. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2009) Diel variation of zooplankton in the tropical coral-reef water of Tioman Island, Malaysia. Aquatic Ecology 43: 965-975.
動物プランクトンの日周変動の研究で,レダン島のバージョン.サンゴ礁の動物プランクトンを礁内性と礁外性に分類し,生物量のピークが来る時間が夜の遅い時間のとき(朝方の3時とか),その動物プランクトンはサンゴ礁の外から入ってきたものであることを示した.博士論文の1部.

2008

4. Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2008) Diel variation in abundance, biomass and size composition of zooplankton community over a coral-reef in Redang Island, Malaysia. Plankton & Benthos Research 3: 216-226.
マレーシア・ティオマン島のサンゴ礁で,動物プランクトンの日周変動を調べた論文.サイズが大きな動物プランクトンほど昼と夜の生物量の変動が大きいことを示した.サンゴ礁の直上では生物量のピークは日没後すぐに来ることも示した.

2007

3. Toda T, Okashita T, Maekawa T, Kee Alfian BAA, Kushairi MRM, Nakajima R, Chen W, Takahashi KT, Othman BHR, Terazaki M (2007) Community structures of coral reefs around Peninsular Malaysia. Journal of Oceanography 63: 113-123.
2001年に行われた「マレー半島一周してサンゴ礁の調査」の成果論文.マレー半島のサンゴの群集構造は西海岸(塊サンゴ)と東海岸(枝サンゴ)では大きく異なることを明らかにした内容..調査とデータ解析には参加していないが執筆を主に担当した.自分の修論には関係ないのに修士過程の1/4をこれに費やしてしまった.

2006

2.  Shibata A, Goto Y, Nakajima R (2006) Use of SYBR Gold stain for enumerating bacteria and viruses in seawater samples. Bulletin of The Plankton Society of Japan 53: 64-68.  (in Japanese)
サイバーゴールド染色液を用いたバクテリアとウイルスの計数のハウツー論文.サンプルの保存方法や退色時間を長引かせるコツなどが書いてある.僕は図を作成しただけ.

1.  Nakajima R, Yoshida T, Othman BHR, Toda T (2006) Diel variation and trophic structure of coral-reef zooplankton in Peninsular Malaysia. Coastal Marine Science 30: 336-343.
マレー半島の2つの島で粒状態有機物をサイズ分画して,その日周変動を調べた研究.卒論を論文にまとめたもの.最初の1本.

その他の出版(査読なし)

4. 中嶋亮太 (2017) サンゴ礁生態系におけるサンゴ粘液の役割. うみうし通信 93, 2-4.

3. 中嶋亮太 (2014) 付録・日本周辺の深海生物マップ.深海と地球の辞典 (編集: 加藤千明,磯崎芳男,小平秀一,河野健). 丸善出版

2. Nakajima R, T. Toda, T. Yoshida and B. H. R. Othman (2004) Trophic structure of pelagic ecosystem in tropical coral reef: Which size fraction is the most important? Proceeding of 3rd Annual Seminar on Sustainability Science and Management, 366-370.

1. Nakajima R, T. Yoshida, A. Shibata, B. H. R. Othman and T. Toda (2009) Size composition of particulate organic matter in a coral reef at Tioman Island, Peninsular Malaysia. Proceedings of International Conference on Marine Ecosystem 2009, 209-220.

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